灰色：幻影扳机

蕾娜等人所属的美滨学园A组，迎来了初等部的咲良。 被任命为咲良上司的是并非前线战斗人员的克莉丝。克莉丝就其原因询问负责统筹（handler）的春人。 接着，咲良被指出需要先提升体力才能进行射击训练，于是自行开始进行严苛的训练。 背起因疲惫而睡着的咲良，克莉丝心中涌起一股思绪。

咲良外出进修的医科大学发生恐怖袭击爆炸事件。 犯人是新兴宗教组织成员，密谋获取可用作武器的病毒。 得知事件后，联合国为阻止病毒扩散，决定使用热处理武器进行空袭，将建筑一并摧毁。 接到此通知的A组却接到了禁止出动命令。但克莉丝无视命令，独自前往营救咲良。

克莉丝使用炸弹对抗恐怖分子，但被敌方子弹击中受伤。 为克莉丝包扎的咲良陷入被恐怖分子包围的危机。 另一方面，A组以作战失败时当场处分为条件，获得学园长许可出动现场。 为了营救咲良和克莉丝，美滨学园A组发动歼灭恐怖分子的作战。

紫的姐姐·侑希结束海外任职回到了A组。 侑希擅长接近人和说谎，和学园长、春人也关系要好，她那种熟络的态度让蕾娜感到有些烦躁。 妹妹紫也在侑希回到A组后状态不佳。 侑希和紫之间发生了什么？春人向蕾娜等人讲述了他与两人相遇时的往事。

在SORD成立之前的数年。 春人来到深山中的ユーキ的老家。她的村子里似乎流传着一种叫做"幻刀"的特殊技艺。 春人决心在超越师父之前不回去，于是开始在村子里生活。在那里，他遇到了ユーキ的妹妹沙季（紫）。 沙季虽然怕生，但渐渐对春人敞开了心扉。 某天，村子遭到袭击，沙季误以为凶手是春人，失控暴走。

回溯到SORD还被称为"幻影扳机"的时代。 通过某项实验诞生的春人被美滨学园的学生仙石イチル、野上等人抚养长大，其中特别亲近蒼井アオイ。 每天，アオイ他们在从事暗面工作的同时，被不习惯的育儿搞得团团转。在这样的杀人集团中，春人茁壮成长。 "苍井春人"这个存在是如何诞生的？那段过去终于被揭开——

春人虽然年幼，却已开始经历现场，展现出杀手的才能。 一天，一个摧毁宗教组织的任务落到了幻影扳机头上。 春人也和アオイ他们一起，前往敌人的据点执行作战。 然而在那里等待他们的，却是春人他们熟悉的人物。

美滨学园A班出现了海外派遣的提议，班主任有坂被迫做出决断。 有坂与玲奈等人面谈，试图判断她们各自是为了守护什么而奔赴战场。 而在A班前往的战场上，一个新兴宗教组织"THE FATAL ANSWER(TFA)"正在等着他们，该组织中有エニシ和クロエ。

SORD所有部队被召集，前所未有的大规模作战。 玲奈和マキ前往前线，桐花和グミ狙击潜伏在森林中，ムラサキ和ユーキ潜入敌基地收集情报，クリス和タイガ负责救护。 在各自执行任务时，春人遭遇了クロエ率领的敌部队。 面对杀死アオイ的宿敌，春人终于举起了刀刃。

平民帕特里克和布鲁诺反复过着从战场尸体上剥取装备的生活。 战争激化，紧急警报响彻云霄，他们在地下壕沟里遇见了年幼的修女们。 帕特里克他们试图带着修女们逃离战场，但高射炮摧毁了壕沟，热浪如恶梦般袭击着少女们。 他们只是想要活下去……在战场上他们看到的究竟是什么。

与新宗教组织“The Fatal Answer”（TFA）的战斗进入最终阶段，桐花等人在山岳地带被少年兵包围，陷入了绝境。 另一方面，孤立在前线的蕾娜，为了主人春人，与强敌克洛伊展开了战斗。 在美滨学园的成员们各自奋战之际，曾经的幻影扳机做出了重大决断。

收到大坝崩塌的消息后，SORD全军决定撤退，但美滨学园的成员未能从前线返回。 麻希在俄罗斯当杀手时结下仇怨的男人让她苦战。 而蕾娜被克洛伊逼入绝境，在生死边缘徘徊时，回忆起被春人收养的那段时光。

春人为寻找美滨学园A组的成员，潜入敌军总部，再次与克洛伊相遇。 另一方面，中弹的越狱负伤试图乘电梯逃离基地。 追赶越狱的是美滨学园园长·仙石一缕。谁将成为最后的幸存者？SORD与TFA的战斗落下帷幕。 这是被鲜血与硝烟所点缀的幻影扳机们的故事——