攻壳机动队 THE GHOST IN THE SHELL

公安部的荒卷大辅在强制搜查某国代表涉嫌贪污和犯罪的会议时，遇到了一个神秘的义体人。义体人自称草薙素子，向内务大臣建议设立新的特殊部队。荒卷为设立部队，向草薙请求进行某项调查。

草薙等人的部队在荒卷的招募下开始作为攻壳机动队活动。某日，外务大臣的翻译官的电子脑被病毒入侵。荒卷察觉到流亡中的马雷斯上校企图妨碍秘密会谈的迹象，便指示草薙等人通过逆向追踪锁定犯人。

在塔奇克马激烈的追逐战之后，草薙和陀古萨控制了嫌疑人。另一边，在荒卷和巴特埋伏的当口，一个被推测为是向马雷斯上校植入病毒的真正元凶的来历不明的黑客“傀儡师”现身了。

某个样品机器人突然袭击人类的事件接连发生。草薙等人回收了同型号的机器人，却发现它们有着某个共同点。为了查明事件真相，巴特和陀古萨前往机器人的制造商——阪华精机。

为了监视战斗型生化人科伊尔·克拉斯诺夫，草薙一行前往北端。为了揭露科伊尔的目的，以及佐川电子在扩建地下工厂时所掩盖的腐败，草薙前往佐川电子总部，巴特一行则前往地下工厂。

草薙和她的恋人突然遭到袭击，被送往医院。推测犯人是与草薙有旧怨的恐怖分子相马亨。草薙与陀古萨离开医院，逃亡后抵达废工厂，与武装集团陷入激烈战斗。

一只机器人从MegaTech Body公司出逃，被公安9课捕获，但机器人中藏有傀儡师。傀儡师对荒卷等人自称是“诞生于信息海洋的生命体”，在提出政治庇护要求后，随即被不明身份者夺走。

草薙经历与傀儡师的融合后苏醒。事件的真相虽然明朗，但草薙开始时常感觉到傀儡师的气息。在一次作战中，攻壳机动队在船上压制恐怖分子，但草薙却失手射杀了头目。

因某人的阴谋而被媒体曝光，草薙素子被指控犯有杀害恐怖分子之罪。草薙素子推测是戈兰特情报部在幕后操纵，于是独自展开调查，但最终还是被送上了法庭。

遭到狙击并失去义体的草薙素子，以仅剩大脑的状态与巴特一同逃亡。为了获得新的义体，她来到巴特的床前，然而在那里，本应已经消失的傀儡师开始与进入封闭模式的草薙素子建立频道连接。