脱离了A级队伍的我，和从前的徒弟们前往迷宫深处。

"烦死了!!"——红魔道士优克如此喝道，脱离了活跃于冒险都市菲尼斯的A级队伍"雷枪"。优克曾活用道具和魔法在各个方面支援队伍的战斗，但其他成员始终不认可他的努力，他终于忍无可忍。开始寻找新队伍的优克，受曾经担任冒险者预备研修教官时的学生玛莉娜邀请，加入了一个刚起步的D级队伍。加入后，在首次挑战的任务中，优克的实力让玛莉娜等人目瞪口呆——？

优克与从前的学生玛莉娜、希露珂、莱茵组成了队伍"三叶草"。成为队长的他，庆祝任务成功和新队伍的启程。并且任务的情景通过摄像哥进行了直播，一跃成为备受瞩目的队伍。希望成员们进一步成长的优克，接受了冒险者公会会长玛玛尔的推荐，接下了一个难度相对较低的C级任务。然而，意想不到的魔兽出现了——。

凭借优克独自开发的魔法，"三叶草"成功讨伐了魔兽扎尔纳格。一个D级队伍挑战了堪比B级的高难度任务，并且成功完成，这一事件通过直播引发了巨大话题。随后，接到管辖冒险者公会的公会会长本乌德的传唤，优克等人被告知队伍提升至C级，而优克本人提升至A级。与此同时，优克感受到了扎尔纳格出现所预示的某种危险。

"三叶草"接受了老字号武具工坊"亚细斯"的指名委托，同时兼任推广亚细斯提供的新装备，前往艾昂遗迹迷宫。本次任务是到达遗迹迷宫地下第四层的欧·杜雷德废弃都市迷宫入口。在"三叶草"面前，出现了与黑暗精灵希露珂有恩怨的下级怪物欧尔库斯，并在第四层存在被视为威胁的"影"——。

凭借多个任务获得的报酬做本金，"三叶草"正在寻找作为队伍据点的自家住宅。通过房地产商的介绍看了几处房产，优克等人决定购买一间两层公寓。与此同时，优克脱离的A级队伍"雷枪"因连续任务失败而面临降级危机。"雷枪"的队长、优克的青梅竹马西蒙准备了一项秘策召回他——。

接下了国家选任任务，"三叶草"虽是C级队伍，却开始调查"无色之暗"。在新加入队伍的猫人族宁宁带领下，终于踏入了"无色之暗"。一边用摄像哥直播，一边谨慎前进并对付怪物。调查至第二层阶梯入口完成后，就在准备撤退时，他们遭遇了"雷枪"。

以到达第三层阶梯入口为目标，"三叶草"开始了对"无色之暗"的第二次进攻。走下第二层阶梯，眼前却突然出现了蓝天和广阔的草原。他们上门拜访，开门的是一位可疑的老婆婆。随后天空突然暗下，变身后的老婆婆让优克等人惊慌失措。被迫暂时撤退的"三叶草"体会到了全貌不明的"无色之暗"的恐怖。

虽然被"雷枪"囚禁，但使用能立即离开地牢的"退出卷轴"，"三叶草"一行人还是设法逃出了"无色之暗"。但他们得知"雷枪"的成员杰米对优克抱有强烈的悔意。为了解救留在"无色之暗"的杰米，优克明知危险仍决心再次突入，玛莉娜等人也表示赞同。"三叶草"赶到杰米身边，而那里却有一个意想不到的家伙在等着他们——。

从"无色之暗"救出杰米并成功脱逃后，"三叶草"的成员受到了进入被封死的"无色之暗"的惩罚，如一个月内停止活动和扣分等。另一方面，宁宁正式加入队伍，而受到一年暂停冒险者资格处分的杰米也被接纳为成员，为此举行了一场欢迎会。重整后的"三叶草"开始为调查交易都市杜纳附近的新迷宫而做准备。

接下国家选任任务，"三叶草"一行到达交易都市杜纳。优克带着希露珂会见了统管杜纳一带的冒险者公会会长马涅拉。她曾是过去与萨伽等人一起最早踏入"无色之暗"的成员之一。这次交给优克他们的任务是调查杜纳郊外发现的新迷宫。备受瞩目之下，"三叶草"终于点燃了重新开始活动的狼烟！

踏入了新地下城第一层的优克一行人，迅速击败了出现的锁链男，但无法查明他的真实身份，包括他掉落的戒指。之后，在宁宁发现的通往第二层的路上，出现了一座异常整齐的广阔城市，优克感到彷彿误入了异世界的强烈违和感。他们决定立即从当地撤退，途中发现了一个倒下的少女。另一方面，莱因收到了命令她与萨尔穆塔利亚第二王子结婚的信函——。

再度踏入王都「格拉德·西＝伊姆」的「三叶草」，在广场上与蛹形怪物对峙。虽然通过精彩的协同攻击将其讨伐，但给予最后一击的玛莉娜从怪物身上感受到了人类的气息。此外，得知照耀王都的「黄昏之光」对冒险者和观众也产生了不良影响。在王立学术院展开调查之际，在广场上救出的少女自称「黄金巫女」并觉醒，宣告世界面临「淘汰」的危机——。

优克被王立学术院院长贝迪波命令成为「勇者」并从「淘汰」中拯救这个世界。作为第一步，四个队伍将联合进行封印「格拉德·西＝伊姆」的任务，他们企图进入王都内的沃丹城。在可疑老人洛泽的引导下，他们到达了城内的王立资料库。在那里接触了历史书和魔导书的他们，了解了关于「淘汰」和「格拉德·西＝伊姆」的重大秘密。

「格拉德·西＝伊姆」是曾经存在于另一个世界的城市。沃丹王为了逃避「淘汰」的危机，使用魔法强行移转到另一个世界。但在过程中，民众变成了怪物，王都也以地下城的形式出现。优克为了破坏这次移转的元凶「一之黄金」，朝着沃丹城的最深处前进，但妮贝伦被扎卡尔特率领的队伍「全弹发射」带走。

独自突入沃丹城的队伍「全弹发射」受到「斜阳」的影响变成了怪物。「三叶草」、「斯库尔迪亚」和「卡迈因」三支队伍一边应战他们一边营救妮贝伦，但沃丹王终于开始行动，他们因压倒性的战斗力差距而苦战。与「一之黄金」对峙的优克决定与妮贝伦和洛泽一起执行某个魔法。在那里揭开的「一之黄金」的真正身份是——。

由于破坏了「一之黄金」，「格拉德·西＝伊姆」也完全消失。在黑暗中彷徨的优克和妮贝伦，被突然出现的光引导，成功回到了多纳。但与优克的体感相反，实际上已经过了两周时间，据点里没有莱因的身影。据说她为了寻找优克，前往了萨尔穆塔利亚第二王子马斯托姆的宅邸。优克为了夺回莱因，与马斯托姆直接谈判。

「三叶草」在多纳近郊进行的地下城调查，随着优克主导总结的报告书的提交而结束。此后，关于妮贝伦的待遇与贝迪波进行了商谈，优克决定接纳她为「三叶草」的新成员。短暂休息之后，回到菲尼斯的「三叶草」受到了当地居民的热烈欢迎。即使是久违回家的优克也忘记了工作，与玛莉娜等人一同举杯庆祝。

威尔梅利亚国王文森特五世亲自拜访了回到菲尼斯据点的优克。优克被授予了冒险者最高荣誉的「迷宫伯爵」称号，同时也接受了「三叶草」的王命委托（国王敕令）。这是作为国家级项目进行的萨尔穆塔利亚封印地下城的攻略委托。登上魔导飞帆船「福尔奈亚」的「三叶草」，包括获得恩赦回归冒险者的杰米在内共七人，朝着萨尔穆塔利亚进发！

到达萨尔穆塔利亚的「三叶草」虽然受到了山贼粗糙的欢迎，但成功与成为王命委托契机的马斯托姆会合。移动到为「三叶草」准备的新兴都市拉=乔伊，那里不仅有为了顺利执行任务而设的冒险者公会，甚至安排了优克等人入住的豪华宅邸。「三叶草」开始调查通往地下城王庙的「死亡之谷」，但他们感觉到了异常的气息。

为了阻止怪物的大暴走以及作为其原因的即将解开的封印，优克提议尽快攻略萨尔穆塔利亚的王庙。在危险波及整个萨尔穆塔利亚、刻不容缓的情况下，「三叶草」执行了三个作战：设置配信中转神器、确保前往王庙的路线及内部检查，以及最终攻略。但在「死亡之谷」的石窟中作业的「三叶草」，目睹了未知的异变！

不止萨尔姆塔利亚，覆盖世界的阴森而不祥的半球状黑壁——那是被称为反转迷宫（Tenebrae）的现象。优克推测，是否因为「无色暗」深处的深渊之门（Abyss Gate）封印解除，导致与当地相连的所有迷宫都泄露出了tenebrae。然而没有时间返回菲尼斯赶往「无色暗」。「四叶草」赌上一种可能性试图踏入Tenebrae，但其真相令人绝望——。

优克与曾封印深渊之门（Abyss Gate）后下落不明的叔父兼师傅萨迦重逢。二人协力，萨迦与班伍德等人从菲尼斯侧，优克从萨尔姆塔利亚王庙侧前往「无色暗」深处。虽成功进入反转迷宫（Tenebrae），但王庙周围涌出大量暗影潜行者（Shadow Stalker）。险险突入「无色暗」的优克等人见到的「另一个菲尼斯」是？

在反转迷宫（Tenebrae）中出现的冒险者公会与班伍德等人会合的「四叶草」，向地下大空洞前进。传说队伍「阿努比斯」展现出与15年前无异的身手对抗暗影潜行者。得助于此，优克等人成功从大空洞到达「无色暗」。「四叶草」以及优克怀抱的宏大梦想——对深渊之门（Abyss Gate）的挑战，现在开始！

在萨迦引导下，「四叶草」抵达「无色暗」最深处。在那里，他们与产生撼动世界「理」的元凶——「淘汰」对峙。与散发憎恶气息的「淘汰」的战斗极其激烈。另一方面，作为领袖率领「四叶草」的优克，面对拯救世界的唯一手段，独自怀揣着悲壮的决心。抵达深渊之门（Abyss Gate）这一「四叶草」的梦想尽头所显现的是——？