作品简介
魔法少女：她们又强又酷，身手又敏捷，人人都想成为她们的一员。这份工作受欢迎又高薪，是相当体面的职业。樱木花奈、越谷仁美和魔法光源股份有限公司的众人致力于推广能让魔法少女指示战斗所需魔法的爱丽丝系统。但是在幕后，有些势力正力求放宽魔法法规，从中牟利…
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在以怪异对策方针为主题的业界会议上，重本提出了魔法光源的新系统「爱丽丝系统」，但因成果不足而被否决。然而重本选择了自行承接新案件来证明实力。这既是巨大机会，也是涉及业界势力关系与意图的危险案件。另一方面，越谷从某人那里收到了与任务相关的可疑提案。内容是可能动摇父亲存在的重要事。工作也好，信念也罢。怀抱着各自情况的团队，向着未知的威胁进发。了
为了调查和讨伐新种怪异，加奈与越谷前往魔总研。在副所长赤坂的带领下，两人前往隔离区域，遭遇了用常规常识无法应对的异常怪异。这个存在具有特殊性质，连攻击都无法奏效，现场一片困惑。此外，背后围绕着魔力管制，各种人的算计交织，局势愈发紧张。不久怪异显现出预想之外的变异，事态更加紧迫。在有限的时间内，魔法光源公司的实力受到考验。
面对开始暴走的新种怪异，魔法光源和阿斯特的魔法少女们同时与之对峙。在各方算盘交错之中，越谷向其他公司的魔法少女土刃提议联合作战，但双方的立场无法契合，气氛紧张。加之怪异受到魔力影响急速变异。作为操作员，某个人物介入，战况进入新局面。在多位魔法少女与系统交错之中，对抗未知怪异的总力战拉开了帷幕。
面对急速持续变异的丙型怪异，魔法光源与阿斯特通过联手展开总力战。凭借独特的战术与实时控制，灵活切换防御与攻击的魔法光源的战斗方式，颠覆了周围的常识。此外，加奈开始从战况中获得的情报中洞察怪异的特性，逐渐承担起带领团队的角色。机动性、精密控制、高度操作相互配合，产生了不像临时拼凑的默契，逐渐找到反击的突破口。
为了扩大爱丽丝系统，魔法光源公司开始招聘工程师。加奈被委以招聘面试之责，一边烦恼如何传达公司魅力，一边编织话语。结果，意想不到的人才聚集，团队开始吹起新风。但在正式强化战力的背后，确保更多人才成为课题。此时，魔法光源全体成员为兼顾演讲与面试而前往京都。
在京都，魔法光源公司一行人与工程师候选人·闇森会面。闇森虽然拥有高超的技术，但缺乏协调性，令人对团队契合度产生疑问。那种态度背后，隐藏着与青梅竹马·サカヱ的关系，以及基于自身独特价值观的想法。与此同时，塔ノ森神社开始了传统祭典，被封印的怪异作为神事被释放。而在这背后，不安的阴影开始蠢蠢欲动。
塔之森的仪式迎来高潮之际，突然发生异变。原本应该安全的结界内，未知的怪异侵入，境内陷入混乱。不仅如此，结界从外部被阻断，魔法光源的成员也被分隔。结界内部，槙野和赤坂与怪异对峙，却陷入苦战。外面，二子山试图打开突破口，但剩下的时间所剩无几。各自的决断，将大大左右战局。
在因暴走的怪异和结界而与世隔绝的境内，暗森受到同伴的信赖，自发地行动起来。然后，槙野和赤坂再次回到战线。以默契的配合和临场战术，迎战强大化的怪异。在极限状况下发挥魔法少女与工程师的信赖和技术，团队迎击怪异。各自怀着各自的信念，故事迈向新的局面。
在塔之森发生的怪异，已被查明是一起人为引发的事件。其背后存在着推动放宽魔力管制的势力，一项为操纵舆论而利用怪异的计划正在推进。更进一步，作为实施者浮出水面的，竟是意想不到的人物。在成为新伙伴的暗森开始融入魔法光源的过程中，加奈开始直面业界的大潮流与自己的职责。那意味着在更大规模舞台上展开战斗的序幕。
魔法光源为了阻止放宽管制派的下一个计划，挑战在怪异发生前埋伏等待的史无前例作战。不久后出现的是巨大的未知怪异，是超越以往分类的异常存在。怪异的力量超出预想，魔法少女们陷入苦战。现场由越谷、赤坂、槙野迎战，指挥系统则由二子山与暗森以高速协作进行状况分析和支援。面对拥有压倒性力量的怪异，战斗进入白热化。
东京湾的战斗进一步激化，魔法光源展开由魔法少女们协作进行的压制战。然而就在此时，阿斯特的土刃以拥有压倒性火力的新魔导具“Wing”介入，战局骤变。以单独歼灭为前提的那种战斗方式，与魔法光源的协同战术正面冲突。在各企业战斗方式与思想对立、合理性与信念相互碰撞之中，战场逐渐带上超越单纯讨伐怪异的意义。
在激化的战斗中，魔法光源与阿斯特终于果断选择“协作”。因重本的决断，爱丽丝系统的技术被全面共享给阿斯特，两家公司的魔法少女携手挑战构建合体魔法。另一方面，土刃险些失去魔法控制。各自怀着新的关系与价值观，投身于构筑下一个未来的战斗。